Scientific Pkg Gget

# gget

`gget` CLI または Python パッケージを使用してゲノム参照データベースにわたるクイックバイオインフォマティクス検索が必要なタスクにこのスキルを使用します。

## 使用するタイミング

- Ensembl ID、遺伝子メタデータ、転写産物の詳細、または配列の検索。
- フルローカルパイプラインを構築せずにクイックな BLAST または BLAT 検索を実行。
- Ensembl から参照ゲノムリンクとアノテーションを取得。
- 単一のインターフェースを通してタンパク質構造、パスウェイ、がん、発現、または疾患関連モジュールを照会。
- Biopython、Snakemake、Nextflow、BLAST+、またはデータベース固有のクライアントなどの重いツールに移行する前に再現可能な最初の証拠ログを作成。

タスクが規制対象の臨床解釈、高スループット本番パイプライン、またはデータベースバージョンとローカルインデックスの細かい制御を必要とする場合は、`gget` の代わりに専用のワークフローを使用します。

## インストール

クリーンな Python 環境を使用します。

```bash
python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install --upgrade pip
python -m pip install --upgrade gget
gget --help
```

`uv` が利用可能な場合:

```bash
uv venv
. .venv/bin/activate
uv pip install gget
```

古い環境を使用する前に、`gget` をアップグレードしてモジュールドキュメントを再確認します。`gget` が照会するアップストリームデータベースは時間とともに変化します。

## 基本パターン

CLI の形式:

```bash
gget <module> [arguments] [options]
```

Python の形式:

```python
import gget

result = gget.search(["BRCA1"], species="human")
print(result)
```

一般的なワークフロー:

1. 必要な種、アセンブリ、遺伝子 ID タイプ、データベースを特定する。
2. 引数に関する現在のモジュールドキュメントを確認する。
3. まず小さなクエリを実行する。
4. 明示的なファイル名と日付で出力を保存する。
5. モジュール名、バージョン、引数、データベースの前提条件を記録する。

## 主要なモジュール

正確な引数については現在のアップストリームドキュメントを使用してください。これらのモジュールは一般的な最初の選択肢です:

- `gget search`: 検索語から Ensembl ID を検索。
- `gget info`: Ensembl、UniProt、または関連 ID のメタデータを取得。
- `gget seq`: ヌクレオチドまたはアミノ酸配列を取得。
- `gget ref`: 参照ゲノムのダウンロードリンクを取得。
- `gget blast`: クイック BLAST クエリを実行。
- `gget blat`: サポートされているゲノムアセンブリに対して配列を配置。
- `gget muscle`: 多重配列アライメントを実行。