Biomedical Paper Reader

为单篇生物医学研究论文生成中文精读报告：逐图解释实验为什么这样设计、方法与结果如何支持结论、证据边界在哪里，并提炼可借鉴的研究设计；支持速读筛选与指定图／方法专题解析，英文或中英双语按需提供。输入可为 PDF、DOI、链接或正文。Deep-read, figure-by-figure analysis, quick screening, or focused figure/method analysis of one biomedical paper (PDF, DOI, link, or full text). 全文翻译、系统综述与多篇比较不是默认任务。

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Install

skills CLI (Claude Code, Cursor, Codex and more)

npx skills add Gaoyuan-0423/biomedical-paper-reader --skill biomedical-paper-reader

Manual install

git clone --depth 1 https://github.com/Gaoyuan-0423/biomedical-paper-reader.git /tmp/biomedical-paper-reader
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r /tmp/biomedical-paper-reader/. ~/.claude/skills/biomedical-paper-reader

Personal skills live in ~/.claude/skills. Use .claude/skills in a project folder to share a skill with your team.

From the SKILL.md

# 生物医学文献阅读

围绕单篇论文回答：作者为什么这样设计，每一步证据支持到哪里，哪些设计可以借鉴。版本 v0.3.4（[更新记录](CHANGELOG.md)）。

默认交付是供读者理解论文的**阅读报告**：

- 正文由研究问题、方法与目的、结果、论证衔接、贡献、科学局限和研究借鉴构成。
- 来源版本、查看事件、覆盖表、证据索引等工作记录独立保存，不进入正文，也不默认生成可读核查附件；分离规则见[证据规则](references/evidence-rules.md)。
- 用户明确要求核查、审稿或复现审计时，再按其目的展示相应记录。
- 正文保留自然的图号／面板引用，以及真正影响具体判断的来源或材料限制。

## 选择语言与模式

- 默认中文，未指定时直接开始，不反复询问；论文语言不改变默认。
- 明确英文时从证据直接写成自然学术英文，不先写中文再逐句翻译；明确双语时两种表述共用证据记录，数字、方向、否定和判断强度必须一致。细则见[模式与语言适配](references/reading-modes.md)。
- 默认完整精读；“速读／筛选／quick read”选速读；“只解析 Figure 3／讲解这个方法”选专题解析。
- 语言只改变表达，模式改变实际读取范围；两者都不降低范围内的证据标准。
- 用户表达足够明确就开始，不强制填写参数。

## 参考文件加载

| 时机 | 读取 |
|---|---|
| 开始前 | [模式与语言适配](references/reading-modes.md)、[证据规则](references/evidence-rules.md) |
| 识别研究设计后 | [研究检查点](references/study-checks.md) 中相关段落 |
| 写报告时 | [报告模板](references/report-template.md) |
| 处理文件、PDF 或图像时 | [材料处理与执行规则](references/material-handling.md) |
| 有图任务 | [逐图阅读记录](references/reading-record.md) |

## 1. 确认身份与范围

- 输入可以是 PDF、DOI、链接、原文片段或二手解读；优先用户原文，只有标识或二手解析时才尝试获取可访问正文。
- 核对标题、DOI、来源版本；能访问官方记录时检查更正、更新或撤稿提示。文件日期不能证明更正已纳入，细则见证据规则的来源覆盖。
- 补充材料默认只用本次上传、论文同目录或用户指定目录中可确认属于该论文的本地文件；不遍历无关目录，没有附件时继续可完成的正文分析，只有用户明确要求补取才联网下载。执行细则见[材料处理](references/material-handling.md)。
- 完整精读对已有主图、补图及 Extended Data 逐张概览并联读完整图注；速读与专题可选图组，但必须包含所依赖的对照与验证。
- 补充表和数据文件按相关问题读取，不要求复算全部数据。
- 记录正文、Methods、图像、图注、补充材料、数据和代码的实际读取范围。
- PDF 区分文件页序与印刷页码；HTML 用真实小标题和图号。
- 身份不明且阻碍继续时才澄清；没有研究方向时给条件式适用场景。
- 仅有片段则交付有范围声明的暂定分析；缺材料不等于作者未做实验或论文质量低。

## 2. 按模式读取并复用证据索引

Read the full skill on GitHub

Details

Skill name: biomedical-paper-reader
Repository: Gaoyuan-0423/biomedical-paper-reader
License: MIT
Repo updated: 26 October 2026

FAQ

What does the Biomedical Paper Reader skill do?

How do I install the Biomedical Paper Reader skill?

skills CLI (Claude Code, Cursor, Codex and more): npx skills add Gaoyuan-0423/biomedical-paper-reader --skill biomedical-paper-reader. Skills go in ~/.claude/skills (personal) or .claude/skills (project), and Claude loads them automatically when a task matches the description.

Is Biomedical Paper Reader popular?

It lives in Gaoyuan-0423/biomedical-paper-reader, which has 148 GitHub stars and 0 forks.

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